François Bafoil a obtenu son doctorat à Sciences Po et son habilitation en sociologie à diriger des recherches à l’université de Grenoble 2. Il est diplômé en philosophie et en polonais (INALCO). 
En poste  à l’université de Lodz en Pologne en 1984, puis chercheur à Berlin de 1988-1994 (Fondation Alexander von Humboldt, WZB), il rejoint le CERI en 2003.


En 2002-2003, il est expert européen en charge de l’évaluation ex ante au ministère de l’Economie à Varsovie et  en 2007-2008, conseiller spécial à l’OCDE pour le Territorial  Review Poland. Il a enseigné dans les universités de Cologne, Shanghaï (Fudan), Istanbul (Bilgui) et Berlin (CIFE).


Il est membre des comités scientifiques de l’Institut für Europäische Politik de Berlin, du Centre for Social Studies (PAN) de Varsovie et de l’Institut européen des hautes études internationales (CIFE)  de Berlin et Nice. 
Il est également membre des comités de lecture de Allemagne aujourd’hui et Le Courrier des pays de l’Est.


Il développe, dans le cadre de la sociologie, des études comparatives sur l’Europe centrale et orientale et l’Asie du Sud Est et sur les politiques de l'énergie.