Le conflit du Sahara Occidental apparaît comme le principal facteur politique du blocage dans la construction d’une intégration régionale. Il illustre l’incapacité de l’Algérie et du Maroc à sortir d’une relation de méfiance, voire d’hostilité, depuis la guerre des sables de 1963. Le conflit du Sahara Occidental a surtout été pour chacun d'eux une formidable opportunité politique d’asseoir leur autorité. La monarchie marocaine a pu s’approprier le sentiment nationaliste porté par le mouvement de l’Istiqlal qui faisait de la cause du grand Maroc l’un de ses combats politiques. Le Sahara Occidental a permis au régime algérien de justifier le pouvoir de l'armée et d’entretenir le sentiment nationaliste. L’avantage du conflit saharien était évident : l’instauration, sous couvert d’un sentiment nationaliste, de régimes politiques autoritaires. Au cours des années 1970-1980, ce conflit était un prétexte à l’établissement de relations hostiles entre les deux pays. Confrontés à des critiques internes sur la violation des droits de l’homme, la corruption, la concentration des richesses et l’absence de liberté, l’Algérie et le Maroc ont trouvé dans le conflit du Sahara Occidental, l’occasion de déverser, à travers une presse complaisante, des préjugés et des clichés sur l’autre, dans l’espoir de rallier à leur cause une population frustrée par la dégradation des conditions de vie. Rappelons qu’en Algérie, entre 1989 et 2003, le salaire moyen a baissé de 20% : « engendrant un sentiment d’appauvrissement qui ne s’est pas dissipé quand la situation économique s’est améliorée et que des augmentations de salaires ont été effectuées » (Rapport national sur le développement humain, 2006). Traumatisée par l’effondrement du prix du baril de pétrole en 1986, la population algérienne a gardé de cette période, la conviction que la richesse pétrolière est aléatoire : dans les années 1990, 25% de la population étaient considérés comme pauvres, quatre  millions de personnes vivaient avec un dollar par jour ; 22 % étaient privés d’un accès à un point d’eau potable. Au Maroc, en 2002, on estime que 6,8% de la population sont en situation de malnutrition, que 56% des ruraux ont accès à l’eau potable et 31% à des services sanitaires. C’est dire que, pour les populations, ce conflit est un luxe indécent qui bloque une région dans son développement économique. Le 17 février 2007, les patrons des patrons du Maghreb se sont réunis à Marrakech et ont annoncé la naissance de l’Union maghrébine des employeurs. La date retenue n’est pas fortuite : le 17 février est l'anniversaire de la création de l’UMA, projet politique devenu un enjeu vital pour les entreprises. Comme le souligne Hammad Kassal, vice-président de la Confédération générale des entrepreneurs marocains et l’un des fondateurs de l’Union maghrébine des employeurs (Le Figaro, 16 février 2007) : « C’est l’économie qui va briser le mur politique qui existe aujourd’hui. Nous voulons faire pression sur nos gouvernements pour qu’ils puissent eux-mêmes améliorer leurs relations. Nous ne voulons pas de carcans, de procédures administratives paralysantes ». En effet, les échanges commerciaux intra régionaux demeurent toujours aussi faibles, environ 2,5 % des 105,7 milliards d’euros des échanges globaux des pays membres de l’UMA.

Mais la rationalité économique semble de peu de poids face aux stratégies nationalistes dans la région. Le conflit du Sahara Occidental cristallise des sentiments ambivalents. Au Maroc, la monarchie construit et s’approprie un sentiment nationaliste rendant l’annexion irréversible en associant son destin à celui du Sahara. Le plaidoyer pour un référendum sur l’autodétermination permet à l'Algérie d’entretenir sur le continent africain son image de pays au côté « des peuples en lutte pour leurs droits ». En somme, le conflit du Sahara Occidental est un formidable instrument de construction politique : il fait du Maroc un pays plus pauvre mais plus habile que l’Algérie et de cette dernière un Etat généreux soutenant indéfectiblement une cause perdue.