Frédéric Lasserre a travaillé comme consultant à l'Observatoire Européen de Géopolitique (OEG, Lyon) sur les transformations politiques et économiques de l'Europe Centrale et Orientale après la chute du mur de Berlin, puis comme conseiller en affaires internationales au ministère québécois de l’Industrie et du Commerce, puis au sein d’Investissement Québec.
Il est professeur depuis 2001 au département de géographie de l’université Laval (Québec), et chercheur à l’Institut québécois des hautes études internationales (HEI) ainsi qu'à l’Institut hydro-Québec en environnement, développement et société (IEDS). Il est également directeur de projets au sein du réseau de recherche ArcticNet et directeur du Centre québécois d'études de géopolitique (CQEG).
Il a mené de nombreuses recherches dans le domaine de la gestion de l’eau et au sujet de l’Arctique.
Il coordonne une équipe de recherche sur les impacts des changements climatiques sur la gouvernance de l’Arctique, en particulier en ce qui a trait à la navigation, aux ressources naturelles et aux disputes de souveraineté. Il a notamment publié Passages et mers arctiques. Géopolitique d’une région en mutation, aux Presses de l'Université du Québec en 2010.