Une nouvelle guerre, celle de 1967, devait pourtant rouvrir brusquement la question des frontières et la maintenir ouverte jusqu’à aujourd’hui. Les conséquences territoriales de cet affrontement militaire furent considérables : l’Égypte perdit la péninsule du Sinaï (60 000 km²) et la bande de Gaza (360 km²), la Jordanie, toute la rive occidentale du Jourdain, y compris Jérusalem-Est (5 600 km²), la Syrie, le plateau du Golan (1 160 km²). Contrairement à l’attente des dirigeants israéliens, la défaite des États arabes, loin d’entraîner un assouplissement des positions de leurs dirigeants, renforça leur intransigeance. Dans ce contexte, certains territoires conquis furent valorisés stratégiquement : le Sinaï, bien sûr, énorme glacis militaire ; la vallée du Jourdain, ensuite, zone tampon face à la Jordanie ; le Golan, enfin, dominant de ses hauteurs le nord d’Israël. Mais, parallèlement, à cette lecture stratégique de l’espace, une autre interprétation, idéologico religieuse, vit le jour : elle accordait une signification théologique à la récupération du cœur de l’héritage biblique, la Judée-Samarie, avec ses hauts lieux de la mémoire juive (Hébron et Jérusalem). Pour ce néo-sionisme mystique, le développement systématique des implantations juives en Cisjordanie constitue une véritable obligation religieuse, car seule la possession de l’intégralité de la terre d’Israël garantit l’arrivée des temps messianiques. La conséquence inévitable de cette frénésie colonisatrice fut évidemment l’effacement de la ligne verte, l’ancienne ligne d’armistice avec Gaza et la Cisjordanie que, ironie du sort, Israël s’était ingénié à consolider par tous les moyens entre 1949 et 1967. Israël n’alla pas jusqu’à annexer officiellement ces nouveaux espaces (hormis les 72 km² de Jérusalem-Est), essentiellement parce que cela lui évitait de clarifier le sort juridique et politique des Palestiniens. Officiellement, ceux-ci demeuraient donc placés sous administration militaire, mais les territoires (shetahim) – terme souvent utilisé, sans adjectif, pour contourner la question de leur statut précis - furent, eux, bel et bien considérés par les responsables israéliens comme une partie intégrante d’Israël. La ligne verte disparut des cartes officielles et cessa d’être un fait de conscience pour nombre d’Israéliens. De facto, la frontière d’Israël se trouvait maintenant sur le Jourdain.

Les deux autres territoires conquis en 1967 connurent un destin contraire, et il n’est pas anodin que le même homme, le Premier ministre Menahem Begin (1977-1983), l’ait déterminé. Du Sinaï, Israël se désengagea, par étapes, complètement, en revenant sur la frontière internationale en 1982 (à l’exception d’un petit km² autour de Taba, évacué en 1989). À l’inverse, le Golan syrien fut annexé en décembre 1981. Pourquoi cette différence ? Les deux territoires recelaient des atouts stratégiques, mais Begin était prêt à renoncer à ceux du Sinaï pour une paix définitive avec l’Égypte assortie de solides garanties américaines. Cette renonciation était d’autant plus acceptable pour un homme comme lui, très imprégné de la territorialité biblique, que le Sinaï se trouvait hors d’Eretz Israël au contraire du Golan (et surtout de la Cisjordanie). De surcroît, comme le Golan était réclamé par une Syrie peu ouverte au compromis, il n’y avait, de son point de vue, aucune raison de se priver des avantages stratégiques de cette forteresse naturelle.

Begin inaugura une nouvelle pratique territoriale : en 1978, il institua, au sud du Liban, en s’appuyant sur des forces chrétiennes une « zone de sécurité » (environ dix km de large) destinée à éloigner les combattants de l’OLP de la frontière septentrionale. Elle connut divers avatars avant d’être finalement évacuée par Israël en mai 2000.

Si l’après-1967 voit Israël redéfinir unilatéralement ses frontières, de jure et de facto, il voit aussi l'ONU poser le cadre de la légalité internationale à travers la résolution 242 du Conseil de sécurité (22 novembre 1967) qui demande « le retrait des forces armées israéliennes des territoires occupés », tout en affirmant le droit de chaque État « à vivre à l’intérieur de frontières sûres et reconnues ». Ce principe demeure la pierre de touche d’un règlement global du conflit. Sa mise en œuvre avec les États de la région ne souffre pas de difficulté théorique : elle implique tout simplement le retour d’Israël sur les frontières internationalement reconnues. De la même façon qu’Israël a restitué le Sinaï à l’Égypte en 1982, elle doit faire de même avec le Golan. La vraie difficulté concerne la Cisjordanie : en 1967, elle était dans le giron de la Jordanie qui, en 1988, a rompu avec elle ses liens administratifs et juridiques. C’est donc là, et à Gaza, qu’un nouvel État, la Palestine, devrait voir le jour, comme le souhaite la communauté internationale. Mais quels en seront les contours effectifs ? Pour l’heure, cette question reste sans réponse car les responsables israéliens ne sont toujours pas sortis de l’ambiguïté quant à leur frontière orientale.