Depuis les années 1990, la ligne de cessez-le-feu risque moins d’être au centre d’une guerre que de devenir le lieu de passage par lequel s’infiltrent des islamistes venus du Pakistan ou d’Afghanistan car le Cachemire apparaît à bien des Moujahidins ayant combattu les Soviétiques – et à leurs héritiers -, comme la nouvelle cible du jihad.

En réaction à cet afflux d’activistes dont les opérations commandos et les attentats ont fait de nombreux morts dans les années 1990, l’État indien a déployé des troupes le long de la frontière. Il a équipé la ligne de contrôle, non seulement de barbelés très sophistiqués dont la pose n'a été achevée qu’en septembre 2004 mais aussi d’instruments de détection bientôt complétés par des radars. Ces commandes militaires expliquent en partie qu’Israël se soit, au cours de la décennie, hissé au second rang des fournisseurs de matériel de défense de l’Inde en raison de sa maîtrise des technologies recherchées par New Delhi (cf. l’achat de trois avions-radar Phalcon). Au début des années 2000, ce dispositif a permis de freiner les infiltrations, 45% de ceux qui essaient de pénétrer au Jammu et Cachemire étant interceptés à la frontière.

À ce durcissement succède, au début des années 2000, l’idée d’une soft border. Cette évolution peut s’expliquer par la conviction acquise par les Indiens qu’ils ont trouvé le moyen de réduire les infiltrations ou, au contraire, qu’ils ne pourront pas surmonter ce problème sans un changement d’attitude du côté pakistanais. Or précisément le général Musharraf, qui a pris le pouvoir en 1999, semble disposé – sous la pression des Etats-Unis – à chercher un règlement de la question cachemirie. C’est lui qui propose un plan en quatre points, dont l’idée d’une soft border au Cachemire. Cette formule prévoit de laisser les hommes (en particulier les membres des  familles coupées en deux après la partition) et les marchandises circuler plus librement des deux côtés de la ligne de contrôle. Cette avancée devait s’accompagner, pour Musharraf, d’une plus grande autonomie donnée aux Cachemiris de l’est et de l’ouest dans la gestion de leurs affaires et d’un retrait des troupes des deux côtés de la LoC (line of control, le nouveau nom de la ligne de cessez-le-feu de 1949 après les accords de Shimla). En 2005, la frontière est, de fait, rendue plus poreuse avec le rétablissement de lignes de bus entre Srinagar et Muzzafarabad.