En 1963, «la guerre des sables » avait démontré que l’héritage territorial de l’Algérie, dessiné par la France, était contesté par le Maroc. D’abord par le parti de l’Istiqlal qui appelait à la restauration du grand Maroc, puis par la monarchie d’Hassan II. Le contentieux territorial entre l’Algérie et le Maroc avait trouvé une issue dans le traité d’Ifrane de 1969 par lequel les deux pays s’étaient engagés à respecter les frontières héritées de la colonisation. Dans les faits, cet affrontement entre deux États à peine indépendants nourrit méfiance et rancœur. Mais lorsque le Maroc récupère habilement le Sahara Occidental à la suite du départ des troupes espagnoles, l’Algérie se retrouve confrontée à un dilemme : la reconnaissance du fait accompli ou la guerre. Entre 1962 et 1972, le pays ne dispose pas des moyens financiers pour bâtir une réponse aux revendications territoriales marocaines sur le Sud-Ouest algérien. Mais à partir de 1973, l’Algérie bénéficie des retombées de la nationalisation des hydrocarbures et du premier choc pétrolier : pour la première fois depuis son indépendance, elle dispose de conséquents revenus extérieurs. Aussi les dépenses consacrées à l’achat d’armements ont-elles suivi le cours du prix du baril de pétrole : entre 1973 et 1977, elles se sont élevées à 710 millions de dollars puis ont augmenté très sensiblement entre 1978 et 1982 pour atteindre 3,2 milliards ; elles se sont ensuite stabilisées, entre 1983 et 1987, à 2,5 milliards de dollars et, de 1987 à 1991, à 2 milliards. L’URSS a été le principal fournisseur de l’Algérie à qui elle a vendu environ les trois quarts de son matériel militaire. Nombre d’observateurs se sont inquiétés de cette course à l’armement dans la région. Mais, à la différence du conflit entre le Pakistan et l’Inde, ou entre l’Irak et l’Iran, la confrontation algéro-marocaine, par front du Polisario interposée, demeure circonscrite à une guérilla dans le désert et est, au final, peu coûteuse pour les finances publiques. L’annexion du Sahara par le Maroc contraint l’Algérie à rendre celle-ci indigeste, et sans doute est-ce là l’une des principales raisons de la longévité de ce conflit. Riche de sa rente pétrolière, l’Algérie peut se permettre le luxe d’entretenir les populations sahraouies dans des camps de fortune et de dénoncer l’indifférence du Maroc face aux droits des peuples à l’autodétermination.

De 1975 à 1991, de l’annexion au cessez-le-feu, l’Algérie contraint tout de même le Maroc à effectuer de lourdes dépenses militaires au regard de son PIB, afin de garder le contrôle du Sahara. Cette guerre d’usure a coûté une dizaine de milliards de dollars à la monarchie, forcée d’entretenir son armée (130 000 à 160 000 hommes) en grande partie déployée dans le Sahara. Selon les mots de Fouad Abdelmoumni : « le coût de ce dossier, c’est tout simplement le non développement du Maroc ». La dispute du Sahara Occidental a donc bloqué le développement économique de la région du Maghreb. Mais cette perte pénalise davantage le Maroc que l’Algérie qui peut compter sur sa rente pétrolière. La position de principe de l’Algérie sur le Sahara – droit du peuple sahraoui à un référendum sur l’autodétermination – a conduit à une impasse diplomatique et donc à une tension militaire. Dans sa rivalité économique avec le Maroc, l’Algérie aveuglée par les illusions de la rente pétrolière, considère que le temps joue en sa faveur. L’abondance des revenus issus des hydrocarbures lui permet de mener une « guerre privatisée » sans fin, qui ne manquera pas de ruiner le Royaume chérifien, de provoquer des révoltes intérieures, en somme de remettre en question le choix de l’annexion. Mais le contre-choc pétrolier de 1986, qui se traduit par un effondrement du prix du baril, fait voler en éclats cette stratégie, révèle le spectre de la faillite financière et provoque l’explosion d’émeutes en Algérie. Entre 1991 et 1993, le pays  ne consacre plus que 145 millions de dollars à l’achat d’armements et le soutien aux Sahraouis passe aux oubliettes au regard de la menace que représentent les islamistes du FIS (Front islamique du salut) pour le régime. La rente pétrolière n’a pas été pour l’Algérie une ressource suffisante pour vaincre le projet d’annexion du Sahara par le Maroc. De façon symbolique, à la fin des années 1980, les deux pays sont endettés et offrent à leurs populations un faible niveau de vie.

Entre temps, les Sahraouis observent avec amertume le transfert des populations du nord du Maroc qui s’installent sur leur territoire. Ils craignent que les investissements de Rabat ne rendent irréversible l’annexion du Sahara dont beaucoup imaginent qu’il recèle des gisements de pétrole et de gaz. À défaut d’exploitation des hydrocarbures, le secteur de la pêche fait le bonheur des entreprises marocaines, les côtes du Sahara Occidental offrent des gisements halieutiques importants.