L’activisme des autorités territoriales en faveur de la coopération s’est traduit par la création de plusieurs structures communes, représentatives de leurs intérêts, qui sont finalement les porte-voix des collectivités membres : l’Association des régions frontalières européennes (ARFE), la Conférence des régions périphériques maritimes (CRPM) ou encore l’Assemblée des régions d’Europe (ARE). Ces forums eurorégionalistes ont beaucoup fait pour permettre l’avancée de la coopération territoriale. La CRPM a par exemple contribué à institutionnaliser la voix des collectivités territoriales auprès de la Commission européenne. La reconnaissance par le traité de Maastricht de nouveaux droits pour les autorités territoriales et la création du Comité des régions de l’Union européenne en 1994 sont à mettre au crédit de ces réseaux d’action collective (Alliès, 2007).
Par ailleurs, de nombreux programmes pilotes de coopération ont été initiés à la fin des années 1980, en concertation avec les territoires concernés, comme par exemple entre le Nord-Pas-de-Calais et ses partenaires du Kent (Royaume-Uni), de Flandre et de Wallonie (Belgique). Lors de la mise en place de la politique régionale, on a parfois décelé une volonté de « contournement » de la part de la Commission qui tentait d’instaurer un dialogue direct avec les collectivités, ce qui souligne le statut d’acteur à part entière de la gouvernance communautaire que ces dernières ont acquis grâce à leur investissement dans des actions et des réseaux de coopération transeuropéens (Bolgherini & Rioux, 2008).

Michael Keating (2001) dénombre plus de deux cents « ambassades » régionales à Bruxelles et plusieurs collectivités ont fait le choix de mutualiser leurs structures de représentation auprès des institutions communautaires, traduisant l’importance de la coopération entre collectivités. En 2009, une ancienne députée européenne parlait d’une « explosion de l’Europe des territoires » dont attestait une participation accrue aux Open Days, semaine européenne des régions et des villes organisée par la Commission européenne. A cette occasion, des groupements de collectivités ont mené des actions conjointes sous le label Euroregions for territorial cooperation, un type d’action qui, d’après certains professionnels, pourrait être amené à se développer dans le cadre de la politique régionale communautaire pour 2014-2021 et de la réforme en discussion du statut de GECT. Ceci étant, l’action des organisations européennes et des autorités territoriales en faveur de la coopération transfrontalière reste soumise, pour une large part, aux prérogatives des États – que ceux-ci soient centralisés ou fédéraux –, notamment en matière d’action et de relations extérieures.