Dans la mesure où l’accord de Schengen et la CCAS sont des traités classiques de droit international, leur modification suppose une renégociation par les vingt-cinq Etats partenaires et la rédaction d’un nouvel accord accepté à l’unanimité et enfin ratifié par chacun des Etats selon ses normes constitutionnelles propres. Le traité d’Amsterdam a fait entrer ces traités dans l’UE, si bien que « la coopération renforcée dans des domaines relevant du champ d'application desdits accords et dispositions connexes… est conduite dans le cadre juridique et institutionnel de l'Union européenne et dans le respect des dispositions pertinentes du traité sur l'Union européenne et du traité instituant la Communauté européenne » selon l’article 1er du protocole sur l’acquis de Schengen. A la suite de la décision du Conseil du 22 décembre 2004, les mesures concernant l’ELSJ doivent être adoptées sur proposition de la Commission en codécision par le Parlement et le Conseil, ce dernier statuant à la majorité qualifiée. L’article 77 § 2 du traité de Lisbonne a confirmé ces dispositions.

Toutefois, si les mesures envisagées tendent à remettre en cause le principe même de la suppression des contrôles aux frontières intérieures, les mesures législatives ne sont plus suffisantes. Il convient alors de procéder à une révision des traités selon la procédure de l’article 48 du traité de l’Union européenne (TUE). Celle-ci implique alors un accord unanime des Etats parties qu’elle soit ordinaire (décision du Conseil de convoquer une Convention dont les travaux sont soumis au commun accord des représentants des gouvernements des Etats membres et à la ratification par chacun d’entre eux conformément à ses règles constitutionnelles respectives) ou simplifiée (décision du Conseil à l’unanimité approuvée par le Parlement européen qui se prononce à la majorité de ses membres).

Selon l’article 2 § 2 de la CCAS, « lorsque l'ordre public ou la sécurité nationale l'exigent, une partie contractante peut, après consultation des autres parties contractantes, décider que, durant une période limitée, des contrôles frontaliers nationaux adaptés à la situation seront effectués aux frontières intérieures ». Le CFS vient préciser les choses en son article 23 § 1 qui définit de façon restrictive les hypothèses dans lesquelles la restauration des contrôles aux frontières intérieures peut être « exceptionnellement » envisagée (« menace grave pour l'ordre public ou la sécurité intérieure ») et encadre une telle restauration d’un point de vue temporel (durée maximale de 30 jours qui peut s’étendre au-delà au regard de la durée de la menace) et spatial (périmètre circonscrit).

A cela s’ajoutent des exigences procédurales détaillées à l’article 24 du CFS. L’Etat membre qui « envisage de réintroduire le contrôle aux frontières intérieures » est tenu d’en aviser « dès que possible les autres États membres et la Commission ». Pour ce faire, il lui faut fournir de nombreuses informations : « a) les motifs de la réintroduction envisagée, en précisant les événements qui constituent une menace grave pour l'ordre public ou la sécurité intérieure ; b) le champ d'application de la réintroduction envisagée, en précisant le lieu où le contrôle aux frontières doit être rétabli ; c) le nom des points de passages autorisés ;d) la date et la durée de la réintroduction envisagée ; e) le cas échéant, les mesures que les autres États membres devraient prendre ».

Sur la base de ces informations, des consultations s’engagent entre l’Etat concerné et les autres Etats membres et la Commission. La procédure est quelque peu modifiée en cas d’urgence. L’article 25 du CFS reconnaît à l’Etat concerné la possibilité de restaurer immédiatement les contrôles à condition d’en aviser simultanément ses partenaires et la Commission. Un rapport doit être établi et communiqué au Parlement, au Conseil et à la Commission qui effectuent un contrôle sur les conditions et les modalités de la réintroduction des contrôles (article 29). Les textes établissent donc une logique intégrative qui demande à être réellement mise en œuvre.